Commit 4ab11e7a authored by Edith Cannet's avatar Edith Cannet Committed by Jerome Chauveau
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# XML To HTML PLUGIN
# XML To HTML (Métopes to PKP) PLUGIN



@@ -18,9 +18,7 @@ Plugin OJS/OMP de chargement de flux XML développé dans le cadre du projet [FN

**Licence** : CeCILL-B (voir [licence](LICENCE)).



> Lien démo ?
**Exemple** : https://puc-editorial.unicaen.fr/ojs-3.4/index.php/Caen/article/view/2/14



@@ -32,7 +30,7 @@ Plugin OJS/OMP de chargement de flux XML développé dans le cadre du projet [FN

### Prérequis

Pré-requis : [modules php imposés par OJS](https://docs.pkp.sfu.ca/admin-guide/3.3/en/requirements) + php-zip
Pré-requis : [modules php recommandés par OJS](https://docs.pkp.sfu.ca/admin-guide/3.3/en/requirements) + `php-zip`.



@@ -44,28 +42,28 @@ git clone git@git.unicaen.fr:fnso/fairest/xml2html-pkp-plugin.git xml2html
````


> pas de tiret dans le nom de dossier du plugin
> N.B. : ne pas insérer de tiret dans le nom de dossier du plugin.



### Activation du plugin
### Activation

Activer le plugin depuis la section  *Site web > Modules externes* (requiert rôle avec niveau d'autorisation suffisant).
Activer le plugin depuis la section *Site web > Modules externes* (requiert un rôle avec niveau d'autorisation suffisant).



### Paramètre du plugin
### Paramètres

Depuis *Site web* > *Modules externes* > *Modules installés* : XML To HTML PLUGIN *Paramètres* : choisir le *Format / Vocabulaire XML* dans le menu déroulant : JATS ou TEI.
Depuis *Site web* > *Modules externes* > *Modules installés* : XML To HTML PLUGIN > *Paramètres* : choisir le *Format / Vocabulaire XML* dans le menu déroulant : JATS ou TEI.



Choix de la XSL d'import à mobiliser : TEI ou JATS.

> Deux transformations sont fournies dans le plugin : 
>
> - intégration d'un flux XML JATS (`jats2html.xsl`, fork de https://github.com/ncbi/JATSPreviewStylesheets/blob/master/xslt/main/jats-html.xsl) ;
> - intégration d'un flux XML TEI *Commons Publishing*  (`tei2html.xsl`).
Deux transformations sont fournies dans le plugin : 

 - intégration d'un flux XML-JATS (`jats2html.xsl`, fork de https://github.com/ncbi/JATSPreviewStylesheets/blob/master/xslt/main/jats-html.xsl) ;
 - intégration d'un flux XML-TEI *Commons Publishing* (`tei2html.xsl`).



@@ -116,14 +114,14 @@ Ajouter les fichiers qui génèreront les pages HTML des chapitres :
    >
    > - *Flux des travaux* > *Production*
    > - *Fichiers publiables*
    > - **Transférér le fichier* : ajouter les archives `zip`  (contenant le fichier XML et les images associées).
    > - *Transférér le fichier* : ajouter les archives `zip` (contenant le fichier XML et les images associées).
    
    
    
    
      - *Sélectionner les fichiers*
    
      - Cocher l'option *Inclure tous les fichiers de toutes les étapes de production accessibles.* pour afficher la liste des fichiers issus  du *Flux des travaux*, étape *Production*.
      - Cocher l'option *Inclure tous les fichiers de toutes les étapes de production accessibles* pour afficher la liste des fichiers issus du *Flux des travaux*, étape *Production*.
    
      - Sélectionner les fichiers disponibles via le *Flux des travaux* pour la publication en plein-texte.
    
@@ -134,8 +132,7 @@ Ajouter les fichiers qui génèreront les pages HTML des chapitres :
  - *Modifier le fichier*
  - Suivre les étapes pour charger un fichier (*Transférer la soumission*, *Métadonnées*, *Terminer*)

- Attribuer, pour chaque fichier, les autorisations pour la diffusion plein texte :

- [important !] Attribuer, pour chaque fichier, les autorisations pour la diffusion plein texte :
  - *Approbation*
  - *Modalités de téléchargement* : *Accès libre*.

@@ -150,7 +147,7 @@ Passer dans l'onglet *Chapitres* afin d'ajouter les chapitres et affecter le.s f



> !! vérifier release note 3.4 pour mesurer les changements
À partir de la même page, il est possible de prévisualiser la publication (*Aperçu*) et de la publier (*Publier*).



@@ -162,21 +159,21 @@ Ajouter une épreuve :
- Étiquette : "HTML" ;
- Transférer le fichier

  - Sélectionner l'élément de l'article ("Texte de l'article" ou autre type de document) ;
  - Sélectionner le type de document ("Texte de l'article" ou autre type de document) ;
  - Charger l'archive `zip` exporté depuis *XMLMind* puis cliquer sur *Continue*
- (facultatif) Éditer le nom du fichier soumis puis *Continue*
- *Terminer*



À partir de la même fenêtre, il est possible de prévisualiser la publications (*Aperçu*) et de programmer sa publication (*Calendrier de publication*).
À partir de la même page, il est possible de prévisualiser la publication (*Aperçu*) et de programmer sa publication (*Calendrier de publication*).




#### Remarques 

- **Quick submit plugin** : L'archive `.zip` peut être fournie lors de la soumission, compatible avec le `quick submit plugin`.
**Quick submit plugin** : L'archive `.zip` peut être fournie lors de la soumission, compatible avec le `quick submit plugin`.



@@ -184,10 +181,10 @@ Ajouter une épreuve :

### Structure des archives soumises au plugin

Le plugin gère deux structure pour les fichiers soumis :
Le plugin gère deux structures pour les fichiers soumis :

1. chargement d'un fichier xml + chargement une à une des images associées à l'article ;
2. chargement d'une archive au format zip contenant le fichier xml + les images associées.
2. chargement d'une archive au format `zip` contenant le fichier xml + les images associées.



@@ -202,15 +199,19 @@ Dans le second cas :

### Feuilles de transformations XSLT



#### TEI Commons Publishing to HTML

- Gestion des index

**Roadmap**

- Internationalisation des labels d'affichage

#### JATS Publishing 1.3 to HTML


#### JATS Publishing 1.3 to HTML

**Roadmap**

@@ -218,6 +219,10 @@ Dans le second cas :



#### Ajouter une feuille de transformation XSLT



### Interactivité de la page web (javascript)

Par défaut :
@@ -227,11 +232,11 @@ Par défaut :
- Illustrations :
  - circulation depuis les titres des illustrations vers les illustrations (panneau latéral) ;
- Tableaux, double mode de visualisation :
  - seul le titre est affiché,  cliquer sur le titre pour afficher le contenu dans le corps du texte ;
  - seul le titre est affiché, cliquer sur le titre pour afficher le contenu dans la fenêtre principale ;
  - cliquer sur l'îcone <span style="font-weight:bold;color:#0a84ff;">↗</span> pour ouvrir le tableau dans une fenêtre externe ;
- Références bibliographiques : navigation des liens de références courtes vers les références longues ;
- Index : listes dépliables des index, lien pour chaque occurrence avec retour au texte ;
- Dark mode : mode de lecture sombre ;
- Dark mode : mode de lecture sombre.



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@@ -6,29 +6,67 @@



**Ce plugin est en cours de développement, son usage n'est pas destiné à être utilisé en production.**
Plugin OJS and OMP for XML loading and conversion to HTML, developed as part of the [FNSO FAIREST](https://www.ouvrirlascience.fr/fair-environment-for-structured-editing/) FNSO (French National Fund for Open Science) project ([IR Métopes](https://www.metopes.fr/) et [Certic](https://www.certic.unicaen.fr/home/)) :

- generates an HTML page for full-text dissemination;
- via XSLT transformation;
- from XML-JATS Publishing 1.3 or XML-TEI Commons Publishing files; 
- uploads associated images via the same archive;
- customisable layout elements (template, CSS, javascript).


Plugin OJS and OMP to convert XML to HTML via XSL transformation.

Developed as part of the [FNSO FAIREST](https://www.ouvrirlascience.fr/fair-environment-for-structured-editing/) FNSO (French National Fund for Open Science) project.
**Licence** : CeCILL-B (see [licence](LICENCE)).

**Example** : https://puc-editorial.unicaen.fr/ojs-3.4/index.php/Caen/article/view/2/14


## Licence

CeCILL-B  (see [licence](LICENCE)).
**This plugin is currently under development and is not intended for production use.**



## Prerequisites
## Installation

### Requirements

Requirements : [OJS requirements](https://docs.pkp.sfu.ca/admin-guide/3.3/en/requirements) + `php-zip`.



### Installation

````
cd ojs-3.3.0-7/plugins/generic
git clone git@git.unicaen.fr:fnso/fairest/xml2html-pkp-plugin.git xml2html
````

> N.B. : do not insert a hyphen in the plugin folder name.



Pré-requis : [modules php imposés par OJS](https://docs.pkp.sfu.ca/admin-guide/3.3/en/requirements) + php-zip
### Activation

Activate the plugin from *Website > Plugins* (with suffisant permission level).


## Compatibility

### Settings

From *Website* > *Plugins* > *Installed Plugins* : XML To HTML PLUGIN > *Settings* : choose *Format / XML Vocabulary* from the list: JATS or TEI.



Choose which XSL should be use: TEI or JATS.

Two conversions are embedded in the plugin: 

 - for a XML-JATS (`jats2html.xsl`, fork from https://github.com/ncbi/JATSPreviewStylesheets/blob/master/xslt/main/jats-html.xsl);
 - for XML-TEI *Commons Publishing* (`tei2html.xsl`).



### Compatibility

Plugin tested on :

@@ -39,162 +77,174 @@ Plugin tested on :



### Customisation

- Template: `HTMLGalleyView.tpl` ([link](https://git.unicaen.fr/fnso/fairest/xml2html-pkp-plugin/-/blob/master/templates/HTMLGalleyView.tpl?ref_type=heads))
- Javascript: `resources/javascript/xml_2html.js` ([link](https://git.unicaen.fr/fnso/fairest/xml2html-pkp-plugin/-/blob/master/resources/javascript/xml_2_html.js?ref_type=heads))
- CSS: `resources/styles/xml_2html.css` ([link](https://git.unicaen.fr/fnso/fairest/xml2html-pkp-plugin/-/blob/master/resources/styles/xml_2_html.css?ref_type=heads))

## Installation

````
cd ojs-3.3.0-7/plugins/generic
git clone git@git.unicaen.fr:fnso/fairest/xml2html-pkp-plugin.git xml2html
````

## User guide

## Activation
###  OMP: Load files

Activate the plugin from *Website > Plugins* with suffisant permission level.
These steps are done from *Publication* > *Publication Formats* tab.



## Settings
#### Add HTML publication format

> Deux transformations sont fournies dans le plugin : 
> 
> - prenant du XML JATS en entrée (issue de https://github.com/ncbi/JATSPreviewStylesheets/blob/master/xslt/main/jats-html.xsl) ;
> - prenant du XML TEI *Commons Publishing*  (`tei2html.xsl`).
Lors de la <u>première création</u> d'une publication au format HTML pour un ouvrage :

- *Add publication format*
  - Name: "HTML"

Permet de choisir la XSL d'import mobilisée : TEI ou JATS.
  - Publication Format: *Digital (DA)*

Depuis *Website* > *Plugins* > *Installed Plugins* : XML To HTML PLUGIN *settings* : choisir le *Format / XML Vocabulary* dans le menu déroulant : JATS ou TEI.


#### Add sources files for HTML generation

## Notes techniques
Add files that will produce chapters HTML pages: 

Le plugin peut gérer 2 cas d'utilisation pour les fichiers soumis :
1. upload d'un fichier xml + upload une à une des images associées à l'article 
2. upload d'une archive au format zip contenant le fichier xml + les images associées
- Option 1: files that have already been uploaded to any submission stage are available as *Production Ready Files*.

Dans le second cas :
 - l'archive est dézippée dans le dossier du zip
 - le dossier décompressé est renommé avec l'id unique généré par ojs
 - le fichier xml est rennomé avec ce même identifiant : `[id]/[id].xml`
 - les urls des images sont de la forme `[idarticle]/zimage/[id1]/[id2][nom_image].[extension]`
  > **Remimder**
  > - *Workflow* > *Production*
  >- *Production Ready Files* tab
  > - *Upload File*: add `zip` files (containing XML file and linked images)

  - *Select Files*

  - Check *Show files from all accessible workflow stages* to display files from *Workflow*, *Production* step.

## Interactivité de la page web (javascript)
  - Select available files from *workflow* for full-text dissemination.

- Tables des matières cliquable
- Circulation depuis les appels de notes faire les notes et retour
- Figures
  - circulation depuis les titres des images vers les images (panneau latéral)
- Tableaux, double mode de visualisation
  - Seul le titre est affiché,  cliquer sur le titre pour afficher le contenu dans le corps du texte.
  - Cliquer sur l'îcone <span style="font-weight:bold;color:#0a84ff;">↗</span> pour ouvrir le tableau dans une fenêtre externe.
- Références bibliographiques : navigation des liens de références courtes vers les références longues.
- Index : listes dépliables des index, lien pour chaque occurrence avec retour au texte.
- Dark mode : mode de lecture sombre.


- Option 2: load files for full-text dissemination.

**Roadmap**
  - *Change File*
  - Follow the steps to upload a file (*Upload file*, *Review Details*, *Confirm*)

- Figures : affichage des illustrations dans une fenêtre externe (visualiseur IIIF).
- Plusieurs jeux de notes
- Division de la fenêtre principale (texte et panneaux) redimensionnable.
- [important!] For each file, set approval for full-text dissemination:
  - *Set approval*
  - *Set terms* : *Open Access*



## Fonctionnement utilisateur [OMP] : procédure de chargement des fichiers
#### Create chapters

Ces étapes sont réalisées à l'étapes de *Publication* > onglet *Publication Formats*.
Go to *Chapters* tab to add chapter and assign publication format(s). 

- Add chaper : *Add Chapter*; a least, type a title and save;
- Select file(s) corresponding to the chapter (`zip`, possibly PDF, epub…)


### Définir le format de publication HTML

Lors de la <u>première création</u> d'une publication au format HTML pour un ouvrage :
From the same page, you can preview (*Preview*) and publish it (*Publish*).

- Ajouter un format de publication
  - Nom : "HTML"

  - Type : *Digital (DA)*

### OJS: Load files

These steps are done from *Publication* > *Galleys* tab.

### Ajouter les fichiers sources pour la production des pages HTML

Ajouter les fichiers qui génèreront les pages HTML des chapitres : 

- Option 1 : les fichiers pour la diffusion plein-texte sont issus des étapes du *worflow*, stockés comme *Production Ready Files*.
*Add Galley*

    > **Rappel**
    >
    > - *Workflow* > *Production*
    > - onglet *Production Ready Files*
    > - **Upload File* : ajouter les archives `zip`  (contenant le fichier XML et les images associées)
- *Galley Label* : "HTML";
- Upload File: 
  - Select *Article Component* (choose "Text Article" or Article Component type);
  - *Upload archive*: upload `zip` archive exported from *XMLMind* then click *Continue*;
- (optional) Edit file name then *Continue*
- *Confirm*



From the same page, you can preview (*Preview*) and schedule publication (*Schedule publication*).

      - *Select Files*

      - Cocher l'option *Show files from all accessible workflow stages* pour afficher la liste des fichiers issus *Workflow*, étape *Production*.

      - Sélectionner les fichiers disponibles via le *workflow*  pour la publication en plein-texte.
#### Remarks 

**Quick submit plugin**: `.zip` can be upload from submission step, compatible with `quick submit plugin`.


- Option 2 : charger les fichiers pour publication plein-texte.

  - *Change File*
  - Suivre les étapes pour charger un fichier (*Upload file*, *Review Details*, *Confirm*)
## Technical notes

- Attribuer, pour chaque fichier, les autorisations pour la diffusion plein texte :
### Structure of archives submitted to the plugin

  - *Set approval*
  - *Set terms* : *Open Access*
The plugin manages two structures for sumitted files:

1. upload of an xml file + upload images one by one;
2. upload of a `zip` archive containing xml file + all associated images.


### Constituer les chapitres

Passer dans l'onglet *Chapters* afin d'ajouter les chapitres et affecter le.s format.s de publication.
In the second case :

- Ajouter un chapitre : *Add Chapter* ; a minima, saisir la métadonnée titre ; sauvegarder ;
- Cliquer sur le titre du chapitre et sélectionner les fichiers (formats) à associer (`zip`, éventuellement PDF, epub…)
 - archive is decompressed into the zip folder;
 - unzipped folder is renamed with the unique id generated by ojs;
 - xml file is renamed with the same identifier: `[id]/[id].xml`; 
 - image urls are `[idarticle]/zimage/[id1]/[id2][nom_image].[extension]`.



**Publier**
### Feuilles de transformations XSLT



#### TEI Commons Publishing to HTML

### Remarques 
- **Quick submit plugin** : L'archive `.zip` peut être fournie lors de la soumission, compatible avec le `quick submit plugin`.
- Index management

**Roadmap**

- Internationalisation des labels d'affichage



#### JATS Publishing 1.3 to HTML

**Roadmap**

- Internationalisation of display labels

## Fonctionnement utilisateur [OJS] : procédure de chargement des fichiers


#### Add a XSLT

- Accéder à l'étape  ***Publication*** / Go to ***Publication***
- Puis l'onglet ***Épreuves*** / Then on tab ***Galleys***

- Ajouter une épreuve / *Add Galley*
  - Nom : "HTML" / *Galley Label* : "HTML" ;
  - 1. Charger l'archive zip exporté depuis *XMLMind* (en tant que "Texte de l'article" ou autre type de document) puis cliquer sur *Continue* / *Upload archive (choose "Text Article" or else Article Component type) then Continue*
    2. (facultatif) Éditer le nom du fichier soumis puis *Continue* / *Edit file name then Continue*
    3. Confirmer / *Confirm*
- Prévisualiser / *Preview*
- Calendrier de publication / *Schedule publication*

### Web page interactivity (javascript)

By default:

- Clickable table of content;
- Navigation from notes calls to notes and back;
- Illustrations :
  - navigation from titles to illustrations (lateral pane);
- Tables, double display:
  - only title is displayed, click on the title to display the content in the main text pane;
  - click ont <span style="font-weight:bold;color:#0a84ff;">↗</span> icon to opeb table in an external window;
- Bibliographical citations: navigation from short citations to extended ones;
- Index: fold-out index lists, link for each occurrence with way back to text;
- Dark mode : dark reading mode.



**Roadmap**

- Figures: illustrations displayed in external window (IIIF viewer);
- Several sets of notes;
- Resizable main window (text and panels).



### Remarques 
### Styling content (CSS)

- **Quick submit plugin** : L'archive `.zip` peut être fournie lors de la soumission, compatible avec le `quick submit plugin`.
–